La mise en couleur
Le coloriage "à la main" après tirage.
Papillons d'Europe peints d'après nature par M.Ernst, gravés par M.Gérardin, et coloriés sous leur direction, décrits par le R.P. Engramelle, religieux augustin du quartier de Saint Germain.
Pour peindre, graver et colorier à la main, image par image, les 350 planches de 3000 spécimens se succèdent peintres (Ernst, Maria Eleonora Hochecker, Desfontaines, Dovilliers...), graveurs (Juillet, Swebach, Gérardin, Staignand...) et artisans coloristes restés anonymes. Chaque épreuve était ainsi aquarellée à main levée ou au pochoir. Après la mort du peintre naturaliste Jean-Jacques Ernst, Jacques-Louis-Florentin Engramelle dessine et grave lui-même quelques planches.
Le frontispice de Historia naturalis ranarum nostratium gravé par Tyroff d’après Roesel a également été colorié à la main.
L'encrage "à la poupée"
La poupée est un tampon ou rouleau d’étoffe employé pour encrer une planche en taille-douce. Utilisé vers 1765 par le graveur vénitien Francesco Bartolozzi alors installé à Londres, le procédé consiste à charger les tailles d’une seule plaque d’autant de couleurs que nécessaire au sujet. On utilise une poupée par couleur ; chaque application d’encre s’appelle une « pose ». Après essuyage de l’excédent, le tirage s’effectue en un seul passage sous presse, comme on le fait d’un tirage monochrome. L’encrage peut être également réalisé au pinceau ou à la brosse, ce qui permet une plus grande précision.
Employé d’abord par les Anglais, le tirage à la poupée connait une grande vogue en France pendant la période révolutionnaire.
Une série d'ouvrages en grand format sortis des presses des Didot, et dont certains furent édités par Defer de Maisonneuve, en sont de très beaux exemples, ainsi le Paradis Perdu ou encore La mort d'Abel. Le style de gravure en pointillé utilisé par Nicolas Colibert permet de rendre les tons en juxtaposant de nombreux points obtenus à l'aide d’une roulette ou d’un burin.